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本人也经常遇到这种情况。先分析一下原因：
个人认为，无法删除硬件的主要原因是系统进程中仍然有程序在调用U盘中数据，使系统认为U盘仍在使用，因此无法删除硬件。虽然楼主关闭了程序，但实际上并没有完全彻底的关闭，在进程中仍有一些临时性或者说是记忆性文件与U盘内数据相关联，造成硬件无法删除。
楼主不愿直接拔出U盘，无非是害怕突然断电造成U盘损坏。其实，并不需要过份担心。只有程序向U盘读取或存储数据时，突然拔出U盘可能会造成数据丢失或硬件损坏。但程序已经关闭，仅是临时性文件或关联数据，并没有进行真正意义上的数据读取或存储，此时直接拔出U盘，造成的损坏率并不高。当然，也许原因并不仅仅如此，所以不能绝对保证完全无损。如果楼主仍然有些担忧的话，可以试着在进程中找到未完全关闭的程序进行手动关闭。如果无法确定是哪个程序在调用U盘数据，也可以进行注销系统后，再进行删除硬件，拔了U盘。
以上仅是个人意见，当然本人也是一直在这么作，出现上述情况，观察U盘上的读写指示灯并不闪烁（证明没有读写数据），那咱就不惯着它，直接拔了了事。直到现在，本人的U盘还健在。